Très linéaire, le site Natura 2000 des vallées du Tarn, du Tarnon et de la Mimente s’étend sur 10 514 ha autour des 3 cours d’eau dont il porte le nom. Il se caractérise par une grande variabilité des conditions de milieu : fortes pentes, altitudes allant de 500 à 1500m, substrats géologiques diversifiés entre calcaire, granit, schistes. Il est parcouru par un chevelu hydrographique dense. Cela se traduit par une grande diversité des habitats naturels rencontrés sur le site Natura 2000 et en particulier des habitats naturels d’intérêt communautaire, ainsi que d’une grande richesse de la flore et de la faune associée.
6% de la surface est couvert par des milieux humides ou associés au cours d’eau, qui participent fortement à la préservation de la qualité de l’eau. Ces milieux abritent plusieurs espèces patrimoniales, dont l’Ecrevisse à pieds blancs, le castor, la loutre
Les milieux ouverts couvrent 35% du site. Il s’agit de prairies, landes, pelouses, diversifiées en fonction de leur altitude et substrat géologique. Ces milieux sont entretenus par les activités agricoles. Cependant, certains espaces abandonnés évoluent vers la forêt.
Les forêts non plantées s’étendent sur 45% de la surface. Elles ont des physionomies différentes en fonction des essences en place (hêtraie, chênaie, châtaigneraie), de la gestion pratiquée, de l’historique. Les forêts matures comptent des vieux bois favorables à de nombreuses espèces : insectes inféodées au bois mort, espèces cavicoles comme le Pique-prune, site de nidification de chauves-souris.
Les milieux rocheux sont associés aux falaises et fortes pentes bordant les vallées.
Au total, 17 habitats d'intéret communautaire et 17 espèces d'intéret communautaire ont été recensées sur le site Natura 2000.