Centré sur une vallée cévenole influencée par deux climats, méditerranéen sur le bas du bassin versant et montagnard au nord de celui-ci, le site Natura 2000 « Vallée du Gardon de Saint-Jean » est donc représenté par une mosaïque de milieux diversifiés, allant du cours d’eau et habitats rivulaires associés (bancs de graviers, zones humides, forêts alluviales,…) aux habitats purement forestiers tels que châtaigneraie et chênaie verte, en passant par les landes, les prairies ou encore les habitats rocheux.
Vingt-et-unes espèces animales liées en grande partie à ces vingt-trois habitats d’intérêt communautaire composent ce site Natura 2000. On retrouve notamment l’Ecrevisse à pattes blanches et le Barbeau méridional, toutes deux des espèces à très fort enjeu sur le site, ou encore le Castor, la Loutre, la Rosalie des Alpes, et des espèces de chauve-souris.
Les activités humaines reposent en grande partie sur le tourisme vert, sur une agriculture élevage (ovins et caprins) en amont de la vallée et la culture de terres agricoles en aval et enfin la gestion forestière. Le territoire a également été marqué par une activité industrielle d’exploitation minière et métallurgique (région Alès-la Grand Combe),de travail du cuir et des textiles.
L’objectif d’un site Natura 2000 est de mettre en oeuvre des actions de préservation de la biodiversité, d’animation et de communication. Les principales mesures visent à maintenir, entretenir, gérer ou restaurer les différents habitats remarquables (par ouverture des milieux, travaux d’entretien, gestion pastorale et extensive des milieux agricoles, lutte contre les espèces invasives…) et également à conserver les espèces présentes en améliorant la qualité de l’eau, en réalisant des aménagements essentiels à leur maintien ou en luttant contre les espèces invasives.