Actuellement, le site Natura 2000 « Gorge de la Jonte » n'est pas animé. Le problème majeur réside dans le fait qu’il est impossible d’élaborer un document d’objectifs cohérent et pertinent. En effet, la superficie qu’il représente (2.7 ha sur trois îlots) est bien trop limitée et ne permet pas d’engager des actions de conservation et de gestion de l’espace suffisantes (et ceci est d’autant plus significatif pour des espèces telles que les chauves-souris qui ont besoin de zones de chasse, de reproduction et d’hibernation). La conservation de ces espèces nécessite de prendre en compte des éléments se situant hors du périmètre actuel.
Le site Natura 2000 des Gorges de la Jonte comporte un seul habitat d'intéret communautaire, les sources pétrifiantes, ainsi que 9 espèces d’intérêt communautaire, dont 8 espèces de chiroptères et une espèce liée au milieux aquatiques, l’écrevisse à pattes blanches.
[collapsed title="Liste des habitats et des espèces d'intéret communautaire du site:"]
Habitat d'intérêt communautaire :
7220 - Sources pétrifiantes
* Habitat prioritaire au niveau européen
Espèces d'intérêt communautaire :
- L'écrevisse à pieds blancs
- La barbastelle
- Le murin à oreilles échancrées
- Le murin de Bechtein
- Le minioptère de Schreibers
- Le petit murin
- Le grand murin
- Le petit Rhinolophe
- Le grand rhinolophe
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