Sur les sites Natura 2000 des Cévennes, 15 habitats d'intérêt communautaires liés au milieux aquatiques ont été recensés.
- 3130 - Eaux stagnantes, oligotrophes à mésotrophes avec végétation des Littorelletea uniflorae et/ou des Isoeto-Nanojuncetea
- 3140.1 - Eaux oligomésotrophes calcaires avec végétation benthique à Chara spp.
- 3150 - Plans d'eau eutrophes avec végétation enracinée avec ou sans feuilles flottantes
- 3170.1* - Mares temporaires méditerranéennes (suintements sur silice)
- 3170.4* - Gazons amphibies annuels méditerranéens
- 3240.2 - Rivière alpine avec végétation ripicole ligneuse à Salix eleagnos
- 3250.1 - Rivières permanentes méditerranéennes à Glaucium flavum
- 3260 - Rivières des étages planitiaire à montagnard avec végétation du Ranunculion fluitantis et du Callitricho-Batrachion
- 3260 - Ruisseaux à renoncules
- 3280.2 - Rivière permanente méditerranéenne du Paspalo-Agrostidion avec rideaux boisés riverains à Salix alba et Populus alba
- 7110* - Tourbières hautes actives
- 7120 - Végétation dégradée des tourbières hautes actives, susceptible de restauration
- 7140 - Tourbières de transition et tremblantes
- 7150 - Tourbières à Lycopode inondé
- 7220.1* - Sources pétrifiantes avec formation de travertins (Cratoneurion)
* habitat prioritaire au niveau européen